Πρέπει να σημειωθεί πως αν και στο πολυνομοσχέδιο του υπουργείου Οικονομικών υπήρχε αρχικώς διάταξη που προέβλεπε πως σε κάθε συναλλαγή μεταξύ επιχειρήσεων και δημόσιων αρχών η οποία οδηγεί στην παράδοση αγαθών ή στην παροχή υπηρεσιών έναντι αμοιβής· θα μπορεί να εφαρμόζεται συμψηφισμός ΦΠΑ, τελικά αυτή αποσύρθηκε καθώς κρίθηκε πως πρέπει να εμπλουτισθεί.

Πληροφορίες αναφέρουν πως εντός της εβδομάδας θα υπάρξουν ανακοινώσεις για το θέμα σε ανώτατο πολιτικό επίπεδο και ότι πρόθεση είναι η νέα ρύθμιση που θα παρουσιαστεί να είναι πιο πλήρης και «γενναιόδωρη» από την αρχική η οποία προέβλεπε πως «ο αναλογών Φόρος Προστιθέμενης Αξίας σε βέβαιη και προσδιορισμένη από φορολογικό στοιχείο απαίτηση επί εμπορικών συναλλαγών κατά του Δημοσίου και λοιπών φορέων της γενικής κυβέρνησης, θα συμψηφίζεται με τον ΦΠΑ που αναλογεί στο ίδιο φορολογικό στοιχείο με βάση την υποβαλλόμενη από τον υπόχρεο αρχική εμπρόθεσμη περιοδική δήλωση ΦΠΑ».

Σε κάθε περίπτωση ο συμψηφισμός θα διενεργείται αυτοδικαίως και υποχρεωτικά, με την καταχώριση του σχετικού παραστατικού στοιχείου από τον φορέα της Γενικής Κυβέρνησης, σε ηλεκτρονική εφαρμογή, το οποίο διασταυρώνεται με τα καταχωρημένα από τον εκδότη του φορολογικού στοιχείου δεδομένα στην ίδια ηλεκτρονική εφαρμογή εφόσον μεσολαβήσει έγγραφη αποδοχή του συμψηφισμού από πλευράς του φορολογούμενου.

Μετά την αποδοχή του συμψηφισμού οι φορείς της Γενικής Κυβέρνησης θα υποχρεούνται να προβαίνουν στη εξόφληση του ποσού αυτού μέχρι και του ύψους του αναλογούντος ΦΠΑ, εντός αποκλειστικής προθεσμίας δύο ημερών πριν από την εκπνοή του μήνα στον οποίο εμπρόθεσμα υποβλήθηκε η δήλωση του υπόχρεου σε υποβολή δήλωσης ΦΠΑ.